Il problema dei costi di acquisizione è strettamente legato a quello delle operazioni di riorganizzazione aziendale tese a ricollocare in maniera più funzionale le attività di ricerca e sviluppo di un gruppo, ad esempio attraverso la creazione di una Ip company. Ma la disciplina di queste operazioni, ai fini del patent box, è molto scarna in quanto solo l’articolo 5 del decreto attuativo regola le operazioni straordinarie neutrali fiscalmente (fusioni, scissioni, conferimenti di azienda) e, letteralmente, solo per disciplinare il subentro dell’avente causa nell’opzione del dante causa e nei costi di ricerca dello stesso, nel presupposto quindi che ci sia già stata un’opzione e che qualcuno subentri in essa (conferitaria, beneficiaria, incorporante). Per procedere in modo funzionale all’ottenimento dell’agevolazione occorrerebbe che fosse chiarito che la continuità presso l’avente causa del diritto all’agevolazione e della relativa quantificazione prescinde dalla circostanza che l’opzione sia stata esercitata prima o dopo l’operazione straordinaria e che i maggiori valori emersi per effetto della stessa non incidono negativamente sul coefficiente del nexus approach.
Altro aspetto rilevante riguarda i costi di ricerca e sviluppo sostenuti all’interno di gruppi domestici. Il meccanismo di calcolo dell’agevolazione incentiva l’attività di ricerca interna o affidata a soggetti terzi e penalizza, invece, l’attività “localizzata” nell’ambito dei gruppi. Anche questa previsione è in linea con le raccomandazioni dell’Ocse ma risulta penalizzante per i gruppi totalmente italiani che si sono strutturati con una società italiana che svolge l’attività di ricerca e sviluppo a favore di tutte le altre società italiane del gruppo. Peraltro, una situazione analoga è quella dei gruppi italiani che si sono strutturati con una holding italiana che possiede gli intangibili e li concede in uso ad altre società italiane del gruppo per lo sfruttamento economico; questi gruppi si trovano in una posizione di svantaggio rispetto ad altri gruppi strutturati diversamente e cioè senza la holding e con le società operative che possiedono direttamente e utilizzano i beni immateriali agevolabili.
Un ulteriore aspetto attiene all’incertezza che è propria del meccanismo applicativo di questa agevolazione. Se da un lato è vero che il ruling obbligatorio in caso di utilizzo diretto degli intangibili si può chiudere con l’accordo dell’agenzia delle Entrate sul contributo economico ritraibile dai beni immateriali, dall’altro lato va evidenziato che, invece, il rapporto tra costi “qualificati” e costi complessivi è auto-determinato dal contribuente e non “bollinato” preventivamente dalle Entrate; è, quindi, soggetto agli ordinari controlli degli organi competenti e alla tempistica degli stessi.